Kisah X-Man: Last Standing diawali dengan kegiatan membuat obat-obatan untuk makhluk mutant ciptaan Magneto. Ide gila ini dilakukan oleh Warren Worthington's (Michael Murphy) untuk menyembuhkan putra semata wayangnya, Angel (Ben Foster) yang bagian punggugnya tumbuh sepasang sayap malaikat.

Di lain pihak, Magneto yang tidak pernah lelah mengisi seluruh Bumi ini dengan para mutant ciptaannya. Sementara ia pun terus memusnahkan manusia dengan bala tentaranya, berupa sekumpulan mutant-mutant jahat. Celakanya, para mutant ini tak hanya giat memusnahkan manusia tapi juga melakukan segala cara untuk menentang Prof Charles Xavier (Patrick Stewart) dan murid-muridnya yang berusaha menyelamatkan manusia.

Pertempuran antara dua kubu, Magneto dan Prof Xavier pun terus berlangsung. Karena lebih banyak diisi dengan adegan-adegan pertempuran, tidak ada yang spesial dalam alur cerita film ini kecuali beberapa efek menakjubkan, yang dihadirkan.

Bagi para penggila bacaan komik, film ini mungkin menarik. Setidaknya berbagai khayalan yang sebelumnya hanya bisa dibayangkan, kini bisa disaksikan lewat film berkat kecanggihan efek-efek khusus yang mengagumkan.